Bardzo słusznie zresztą.Sroczyński_Włodzimierz pisze:Pojęcie NGS utożsamiałem raczej z technologią:)
W przypadku analizy mutacji SNP (w przeciwieństwie do markerów STR), kluczową sprawą jest raczej ich stabilność, tak więc "szybkomutujące" mutacje SNP (lub raczej mutacje SNP w niestabilnych regionach chromosomu Y) są w takim przypadku od razu odrzucane i na ogół nie brane zupełnie pod uwagę przy tworzeniu "drzewa filogenetycznego". Niestabilnośc mutacji SNP sprawiałyby, że nie mielibysmy nigdy pewności, czy osoby posiadające taką samą mutację odziedziczyły ją od wspólnego przodka (a więc są spokrewnione) czy też w każdej z badanych linii mutacja ta wystąpiła zupełnie niezależnie od siebie (a więc na podstawie obecności danej mutacji nie można wnioskowac o pokrewieństwie).Sroczyński_Włodzimierz pisze: Tj umożliwia to (znów wracamy do kosztów), czy ostrożniej - mam nadzieję "będzie umożliwiać w rozsądnej przyszłości w rozsądnych kosztach..." teraz pytanie co będzie umożliwiać. Stosując NGS możemy (powinniśmy? na tym etapie chyba mamy wpływ na wykształcenie się produktu) w jakimś tam stopniu zamówić /wpłynąć na stworzenie panelu
-"szybko/częstomutującego" na pewno (jesteśmy wszak na genealogicznym portalu, więc bardziej chyba kierujemy się w zakres 20-40 pokoleń niż 200)
czy jest to jednoznaczne / porównywalne z STR-ami teraz dostępnymi? Chyba nie do końca, co sam zauważasz pisząc "analizę SNP z analizą STR (przy czym oba typy mutacji moga być analizowane w oparciu o wyniki testu NGS)
Głównym czynnikami determiinującymi przydatność (a przy okazji cenę) testu opartego o NGS jest zakres testowanego obszaru chromosomu Y (na ogół brane są pod uwagę tylko regiony cechujące sie wystarczajacą stabilnością, stanowiące mniejszą część całego chromosomu Y) oraz tzw. pokrycie (coverage), czyli przeciętna liczba odczytów dla każdej z badanych sekwencji. Im więcej tych odczytów, tym więcej pewności, że mamy do czynienia z wiarygodnym (a nie przypadkowym lub fałszywym) wynikiem.
Ponieważ technologia NGS opiera się na "losowym" sekwencjonowaniu różnych fragmebtów DNA, a potem składaniu całej sekwencji do kupy, to przy okazji odczytuje się też mniej stabilne fragmenty zawierające sekwencje STR. Technologia wykorzystywana w większości testów tego typu ma ograniczenia związane z długością odczytywanych fragmentów, co nie ma tak dużego znaczenia w przypadku mutacji SNP, ale stanowi znaczące ograniczenie w przypadku tych markerów STR które zawierają wiele powtórzeń (a więc do odczytania prawidłowej liczby powtórzń wymagane jest odczytanie stsunkowo długiego fragmentu DNA). Z tego właśnie powodu testy oparte na NGS nie nadają się obecnie do analizowania niektórych markerów STR użytecznych w genealogii genetycznej (co obejmuje sporą liczbę markerów włączonych do standardowego zestawu 111 markerów STR oferowanych przez FTDNA). Należy też zauważyć, że technologia NGS nie jest optymalną technologią do odczytywania wyników STR, tak więc te wyniki STR, które możemy otrzymać w takim teście to niejako "produkt uboczny", nie dający wystarczających gwarancji "powtarzalności" i w zwiazku z tym nie mogący stanowić oficjalnej częsci produktu (tak samo jak to ma miejsce w przypadku omawianych przeze mnie wcześniej wyników mtDNA).
Sama zasada działania technologii NGS niejako wyklucza tworzenie czegośc na kształt ściśle zdefiniowanego "panelu". Możemy tu tylko mówic o przybliżonym zakresie testu (lub o minimalnych parametrach, które muszą być spełnione). Poza tym trzymanie się określonego zakresu stanowi raczej duże ograniczenie niż zaletę, bo test jest tym lepszy, im większy ma zakres.Sroczyński_Włodzimierz pisze:z uwagi na technologię dość istotnym wydaje się śledzenie (to minimum...może nawet postulowałbym więcej - aktywniejszy wpływ) na konstrukcję uniwersalnego (kilku mniej uniwersalnych, a wystandaryzowanych) "ngs-owego panelu", który przy - zuwagi na technologię- seryjmym/łącznym badaniu łączyłby oczekiwania co do wyniki jak i do ceny
Zakres testowanego obszaru chromosomu Y przekłada się oczywiście na liczbę znajdowanych mutacji, a to z kolei decyduje o pewnego rodzaju "rozdzielczości" testu. Chodzi o to, że mutacje SNP występują z pewną stałą przeciętną częstością, wobec czego na jedną mutację przypada (przeciętnie!) określona liczba lat. Jeśli jednak badamy bardzo krórki fragment chromosomu, to jedna znaleziona tam mutacja może przypadać na tysiace lat historii człowieka, co daje nam "rozdzielczość" czasową absolutnie niewystarczającą do badań genealogicznych. Na jedną mutację (dobrej jakości!) wykrytą w teście Big Y przypada przecietnie od 120 do 150 lat (brak jest jeszcze całkowitej zgodności co do rzeczywistego tempa mutacji, stąd ten rozrzut), co stanowi rozdzielczość niewystarczającą do określenia na tej podstawie kolejności rozdzielenia się kilku spokrewnionych linii genetycznych, jeśli do tego rozdzielenia się doszło w przeciagu stsunkowo krótkiego okresu czasu (powiedzmy 100-300 lat). Dlatego właśnie analiza blisko spokrewnionych linii przy użyciu Big Y musi być uzupełniona wynikami markerów STR, które mutują bardzo często (są więc dość użyteczne przy testowaniu blisko spokrewnionych linii).
Przewaga mutacji SNP nad markerami STR polega na tym, że te pierwsze dają nam niemal całkowitą pewność co do kolejności rozdzielania sie linii różniących się występowaniem poszczególnych mutacji (co wynika właśnie ze stabilności tych mutacji), podczas gdy "drzewo" utworzone na podstawie markerów STR daje nam tylko najbardziej prawdopodobny (ale niezbyt pewny) obraz rozdzielania się tych linii (bo markery te mogą często mutować w jedną i druga stronę, co uniemożliwia wiarygodne odtworzenie kolejności pojawiania się posczególnych zmian).
Przy okazji, test Big Y wykrywa przeciętnie około 60% mutacji wykrywanych testem Y Elite. Osobiście zakładam, że jedna mutacja wykrywana przez Y Elite odpowiada przeciętnie okresowi 80-90 lat. To oznacza, że jeśli porównuję np. swój wynik Y Elite z wynikiem takiego samego testu przepowadzonego u jednego z daleko spokrewnionych przedstawicieli mojego kladu (mojej gałęzi Y-DNA), i znajduję u niego 12 "prywtnych" mutacji, a ja z kolei mam takich "prywatnych" mutacji 8, to przeciętna liczba mutacji u potomków naszego najbliższego wspólnego przodka wynosi 10, co odpowiada mniej więcej okresowi 800-900 lat do wspólnego przodka (z odpowiednim marginesem błędu). Im więcej takich "niezależnych" potomków/linii testujemy, tym mniejszy jest oczywiście margines błędu.
To się akurat bardzo zmienia wraz z rosnącym napływem prac naukowych dotyczących analizy DNA w szczątkach archeologicznych. Można powiedzieć, że prace, które ukazały się w ciągu mijającego roku wręcz zrewolucjonizowały naszą więdzę na temat historii zasiedlania Europy przez kolejne fale przybyszów z różnych stron, a wyniki kolejnych badań będą się teraz z pewnoscią pojawiać coraz częściej.Sroczyński_Włodzimierz pisze:i znów coś na boku pozostawię - tym razem "pewniki dotyczące migracji":)
