Chromosom X w genealogii genetycznej

expat · Post autor: **expat** » wt 07 kwie 2020, 16:14

Ani 23andMe, ani parę innych firm nie wykryło żadnego wspólnego autosomalnego DNA pomiędzy mną i matką moich synów. Synowie nie chcą umieszczania ich DNA danych nigdzie poza 23andMe więc tego GEDmach testu nie mogłem zrobić.

michalmilewski · Post autor: **michalmilewski** » wt 07 kwie 2020, 16:24

expat pisze: Synowie nie chcą umieszczania ich DNA danych nigdzie poza 23andMe więc tego GEDmach testu nie mogłem zrobić.

Dzięki, to byłoby przydatne tylko w przypadku, gdybyś nie miał wyniku dla ich matki. Z tego co napisałeś widać, że to raczej zupełnie przypadkowy match, wynikający najpewniej z jakiegoś drobnego błędu technicznego (np. braku odczytu dla jakiejś mutacji SNP w obrębie tego krótkiego segmentu w wyniku syna).

Pozdrawiam,
Michał

Bogus_Tom · Post autor: **Bogus_Tom** » wt 07 kwie 2020, 16:39

[quote="michalmilewski"]

Ale to by też oznaczało, że masz wspólny cały chromosom X ze swoim tatą, a to jest raczej niemożliwe w przypadku biologicznego mężczyzny z typową parą chromosomów płciowych XY. Czy badałeś swój chromosom Y (i ewentualnie chromosom Y taty)?

Czy ta osoba, z którą macie wspólny chromosom X, jest mężczyzną?

Nie przebadałem ani swojego, ani mojego taty chromosomu Y. Nie widziałem takiej potrzeby. Korzystałem z testów FTDNA mam wyniki obu haplogrup (Y- i mt-DNA) i autosomalnego. Ten ostatni zrobiłem też swoim rodzicom.
Osoba, z którą mamy wspólny chromosom X, jest młodym mężczyzną.
Bogusław

michalmilewski · Post autor: **michalmilewski** » wt 07 kwie 2020, 17:32

Bogus_Tom pisze: Nie przebadałem ani swojego, ani mojego taty chromosomu Y. Nie widziałem takiej potrzeby. Korzystałem z testów FTDNA mam wyniki obu haplogrup (Y- i mt-DNA) i autosomalnego.

Coś się tutaj nie zgadza. Jeśli nie badałeś chromosomu Y, to w jaki sposób uzyskałeś swój wynik haplogrupy Y-DNA z firmy FTDNA? Jedyny sposób, żeby uzyskać z FTDNA informację o haplogrupie Y-DNA, to zamówienie u nich jakiegoś testu na chromosom Y.

Jeśli to nie tajemnica, to czy mógłbyś napisać, jaką masz w takim razie haplogrupę Y-DNA (pytam o to w zasadzie tylko po to, żeby sprawdzić, czy rzeczywiście masz taki wynik, i ewentualnie spróbować odgadnąć z jakiego testu on pochodzi). Zasadniczo sam wynik chromosomu Y nie ma tu znaczenia, chodzi jedynie o to żeby sprawdzić, czy próbki badane w FTDNA należały rzeczywiście do mężczyzn (tzn. do Ciebie i Twojego taty), i że nie doszło np. do przypadkowego zamienienia próbek Twoich rodziców.

Bogus_Tom pisze: Osoba, z którą mamy wspólny chromosom X, jest młodym mężczyzną.

Jeśli jest mężczyzną, to takim razie fakt, że ma wspólny cały chromosom X z Tobą (i ewentualnie Twoim tatą) jest dużo bardziej znaczący, niż gdybyśmy porównywali wyniki kobiet.

Chcę się jeszcze upewnić, czy rzeczywiście masz wspólny cały chromosom X ze swoim tatą, bo nie napisałeś tego wprost (była to tylko moja konkluzja wynikająca z tego, że obaj macie wspólny chromosom X z innym mężczyzną). Czy mógłbyś więc potwierdzić, że tak właśnie to wygląda w Twoich wynikach przedstawionych na stronie FTDNA?

Czy wyniki autosomalne Twoich rodziców pokazują, że są oni ze sobą spokrewnieni? Jak wygląda u nich porównanie chromosomu X?

Pozdrawiam,
Michał

piotr_nojszewski · Post autor: **piotr_nojszewski** » wt 07 kwie 2020, 18:16

Bogus_Tom pisze:Witam,
a jak wyjaśnić maksymalną wartość X = 195,93cM, SNPs: 18092 u 5th cousin - Remote Cousin, który mieszka w Stanach? Jeszcze w 18 chromosomie jest element wspólny = 8,36 cM, SNPs: 2500. Czy to błąd w obliczeniach FTDNA?
Pozdrawiam,
Bogusław

Chyba coś tu nie gra. czy nie odczytałeś aby pełnej długości X i całkowitej liczby SNP?
To nie wygląda na match na X tylko na informacje o długości chromosomu.
Filtrujesz po wynikach X?

Bogus_Tom · Post autor: **Bogus_Tom** » wt 07 kwie 2020, 18:21

Może coś namieszałem z niebadaniem chromosomu Y. Nie jestem specem w tej dziedzinie

Przepraszam.
Zamówiłem następujące testy w FTDNA: Y-DNA 67 markerów, mt-DNA pełen i at-DNA. Moja haplogrupa to E-L117. Później domówiłem odpowiedni pakiet SNP. Nie mam z tatą wspólnego chromosomu X, ale obaj (ja i tata) mamy taki o maksymalnej wartości z młodym mężczyzną ze Stanów. Wynik testu autosomalnego z rodzicami jest OK. Pełne pokrycie na 22 chromosomach + 1 u mamy.
Bogusław

Tu link: https://i.postimg.cc/J04JGL03/Louis-X.jpg

piotr_nojszewski · Post autor: **piotr_nojszewski** » wt 07 kwie 2020, 18:25

Bogus_Tom pisze:Może coś namieszałem z niebadaniem chromosomu Y. Nie jestem specem w tej dziedzinie Przepraszam.
Zamówiłem następujące testy w FTDNA: Y-DNA 67 markerów, mt-DNA pełen i at-DNA. Moja haplogrupa to E-L117. Później domówiłem odpowiedni pakiet SNP. Nie mam z tatą wspólnego chromosomu X, ale obaj (ja i tata) mamy taki o maksymalnej wartości z młodym mężczyzną ze Stanów. Wynik testu autosomalnego z rodzicami jest OK. Pełne pokrycie na 22 chromosomach + 1 u mamy.
Bogusław

Chwila. masz z OJCEM taki sam chromosom X ???
Jestes pewien?

Bogus_Tom · Post autor: **Bogus_Tom** » wt 07 kwie 2020, 18:32

Tak jak napisałem wyżej: "Nie mam z tatą wspólnego chromosomu X, ale obaj mamy z mężczyzną ze Stanów.". Takie samo dopasowanie, tej samej maksymalnej wartości na iksie.

piotr_nojszewski · Post autor: **piotr_nojszewski** » wt 07 kwie 2020, 18:37

Pomijając taka sytuację, że masz ze swoim ojcem tę samą matkę i że urodziła ona jeszcze tego młodego człowieka to wyglada to na błąd i sugeruje zgłoszenie tego do FTDNA.

michalmilewski · Post autor: **michalmilewski** » wt 07 kwie 2020, 18:40

Bogus_Tom pisze:Nie mam z tatą wspólnego chromosomu X, ale obaj (ja i tata) mamy taki o maksymalnej wartości z młodym mężczyzną ze Stanów.

Taki wynik jest niemożliwy, więc jak napisał właśnie Piotr, coś tu ewidentnie nie gra. Nie przychodzi mi na razie do głowy nic, co mogłoby wytłumaczyć ten "niemożliwy" wynik. Żeby się upewnić, że odczytujesz swój wynik dla chromosomu X prawidłowo, chciałbym Cię prosić o pokazanie zrzutu z ekranu dla strony, na której analizujesz swoje chromosomalne "matche" z tym dalekim kuzynem. Chodzi mi o coś w tym stylu (żeby było widać X i sporą część autosomów):
https://i.ibb.co/kx8BGc0/chromosomes-JS-matches.png

piotr_nojszewski pisze:Pomijając taka sytuację, że masz ze swoim ojcem tę samą matkę i że urodziła ona jeszcze tego młodego człowieka

To by jednak niczego nie tłumaczyło.
Jeśli obaj z ojcem mają wspólny chromosom X z tym "kuzynem", to jest niemożliwe, żeby nie mieli wspólnego chromosomu X ze sobą.
Bez interwencji w FTDNA chyba się nie obejdzie.

Pozdrawiam,
Michał

Bogus_Tom · Post autor: **Bogus_Tom** » wt 07 kwie 2020, 18:59

Link do mojego dopasowania z Louisem: https://i.postimg.cc/2S88tNSv/Bogus-Louis.jpg
link do dopasowania mojego Taty z Louisem: https://i.postimg.cc/Mp5Jf9VY/Tata-Louis.jpg
i link porównujący oba dopasowania tj. mnie i Louisa z moim tatą: https://i.postimg.cc/nhd1Nmqk/Tata-Bogus-syn-Louis.jpg
Pozdrawiam,
Bogusław

michalmilewski · Post autor: **michalmilewski** » wt 07 kwie 2020, 19:12

Bogus_Tom pisze:Link do mojego dopasowania z Louisem: https://i.postimg.cc/2S88tNSv/Bogus-Louis.jpg
link do dopasowania mojego Taty z Louisem: https://i.postimg.cc/Mp5Jf9VY/Tata-Louis.jpg
i link porównujący oba dopasowania tj. mnie i Louisa z moim tatą: https://i.postimg.cc/nhd1Nmqk/Tata-Bogus-syn-Louis.jpg

Dzięki! Jedyne wytłumaczenie jakie na razie widzę, to że coś jest totalnie skopane z wynikami chromosomu X dla Louisa. Podejrzewam, że podobne wyniki dla chromosomu X mają wszystkie osoby na jego liście "matchów". Czy już się z nim kontaktowałeś i zadałeś może tego typu pytanie?

Pozdrawiam,
Michał

Bogus_Tom · Post autor: **Bogus_Tom** » wt 07 kwie 2020, 19:27

Jakiś czas temu skontaktowałem się z Louisem. Pytałem go o ewentualnego wspólnego przodka. Niestety bez odpowiedzi.
Pozdrawiam,
Bogusław

piotr_nojszewski · Post autor: **piotr_nojszewski** » wt 07 kwie 2020, 19:44

To wygląda na błąd.

Macie obaj z nim dokładnie takie same matche.
Szansa na tej wielkości match X i minimalne na innych chromosomach jest zerowa. A przynajmniej kwalifikowałaby się do poważnego projektu naukowego.

michalmilewski · Post autor: **michalmilewski** » wt 07 kwie 2020, 19:49

Bogus_Tom pisze:Moja haplogrupa to E-L117. Później domówiłem odpowiedni pakiet SNP.

To trochę off-topic, ale ciekawi mnie, czy w tym pakiecie SNP miałeś same wyniki negatywne poniżej L117 (czyli poniżej M35). To haplogrupa jednego z moich prapradziadków (nazwisko Nowak), i chciałbym wiedzieć, czy nie należysz przypadkiem do tego samego młodszego subkladu E-L540 (w FTDNA występującego pod nazwą E-S3003), do którego należy też kilku innych Polaków (patrz drzewo YFull, na którym mój kuzyn to YF03833: https://www.yfull.com/tree/E-M35/ ).

Pozdrawiam,
Michał