genealodzy.pl

Witam
Potrzebuję pomocy kogoś, kto zna się na genetyce. Zrobiłem test autosomalny w Family Tree DNA dla siebie i Taty. W obydwu przypadkach baza danych wskazuje pokrewieństwo”3rd-5th cousin” dla mnie i Taty odpowiednio 38 i 68 cM, przy długości bloku około 13. Wspólna część dla nas znajduje się na siódmym chromosomie. Czy ta osoba jest naszą krewną? Wiem, że jej i moi przodkowie pochodzą z pogranicza województw śląskiego i świętokrzyskiego. Jeśli to jest dobry trop, jak szukać dalej?
Pozdrawiam
Piotr

Witajcie,

moja znajoma z Irlandii poprosiła mnie o rozwikłanie pewnej sprawy.
Robiła kilkakrotnie testy DNA, sprawdzane na różnych próbkach populacji i za każdym razem wychodziło, że w około 40% etnicznie jest żydówką, a jej córka w 20%.
Odnaleźliśmy dokumenty na kilka pokoleń wstecz i wszyscy byli rdzennymi polakami wyznania rzymskokatolickiego.
W takim razie jak należy interpretować te wyniki?
Do jakich wniosków uprawniają?
Jakich wniosków nie należny wyciągać?

Czy wniosek, że ktoś z przodków zapisanych w dokumentach nie był naszym biologicznym przodkiem (tylko ktoś o pochodzeniu żydowskim) jest uprawniony?

będę wdzięczny za pomoc bo jestem zielony w tym temacie.

Kozera_Piotr pisze:Witam
Potrzebuję pomocy kogoś, kto zna się na genetyce. Zrobiłem test autosomalny w Family Tree DNA dla siebie i Taty. W obydwu przypadkach baza danych wskazuje pokrewieństwo”3rd-5th cousin” dla mnie i Taty odpowiednio 38 i 68 cM, przy długości bloku około 13. Wspólna część dla nas znajduje się na siódmym chromosomie. Czy ta osoba jest naszą krewną? Wiem, że jej i moi przodkowie pochodzą z pogranicza województw śląskiego i świętokrzyskiego. Jeśli to jest dobry trop, jak szukać dalej?
Pozdrawiam
Piotr

Na Facebooku jest grupa "Genealogia Genetyczna", grupa jest otwarta i toczą się tam różne dyskusje, warto zaglądać, a nawet pytać. Linki do blogów i stron o tematyce genealogii genetycznej.
Żeby zajmować się genealogią genetyczną nie trzeba znać się na genetyce, chociaż na pewno to pomaga (ja się nie znam).
Portale, bazy danych (FTDNA, Gedmatch, MyHeritage, itd.), dostosowane są dla każdego i są w pewnym stopniu intuicyjne w obsłudze, to znaczy samemu się dochodzi jak to działa (ale trzeba próbować i ćwiczyć). Dobrze, że masz badanie swoje i Taty, to dużo ułatwia już na starcie. Osoba z którą jesteście spokrewnieni raczej na pewno jest waszym odległym krewnym, te 3-5 pokoleń należy raczej pogłębić (jak praktyka wykazuje), to znaczy wspólny przodek jest gdzieś głęboko.
Ojciec ma dłuższy wspólny odcinek, Ty masz krótszy, klasycznie bo tylko połowę puli genów dziedziczymy po jednym rodzicu (drugą po drugim), ale widać, że nie jest to akurat połowa, tylko więcej - 38-68. Natomiast najdłuższy wspólny odcinek to 13cM, nie jest to jakoś bardzo dużo, ale już od 8cM wspólne odcinki uważa się za istotne, a tu jednak więcej.
Wiesz, że to jest na 7 chromosomie, na określonym odcinku (warto jakoś zanotować jakim mniej więcej, jest tam miejsce on-line, np. koniec, początek, 145-155, itp., przyda się do dalszych analiz bo na tym konkretnym odcinku musisz się teraz skupić).

Co teraz możesz zrobić?

1. Sprawdź, podgląd odcinka, ile to jest SNP, cokolwiek to znaczy im więcej SNP tym lepiej, ponad 1000 to chyba minimum.
Ten jeden odcinek na 7 chromosomie nie jest waszym jedynym połączeniem, w sumie jest wszak 38cM i 68cM, na dalszym etapie analiz tego porównania możesz sprawdzić te mniejsze połączenia (jest tam opcja) w celu wyszukania takich które mają dużo SNP (to znaczy są krótsze, ale "wysycone", dużo SNP. Zwykle te krótsze mają mniej SNP, ale jak się trafi taki "silny", to jest też dobry do dalszych analiz, trafi się rzadko, toteż można na początku tę opcję w ogóle pominąći skupić się tyllko na tym długim odcinku.

2. Jak macie wspólny odcinek na 7 chromosomie to szukasz teraz innych "wspólników" do tego odcinka. W FTDNA klikasz w "in commom with" i wyświetlą się osoby, które są dla Was wspólne. Odrębnie dla siebie i dla Taty sprawdź tę opcję. To też mogą być wasi wspólni kuzyni i może z opisów jakie dali (nazwiska, miejsca) coś się wyjaśni bliżej, która to może być linia ewentualnie. Każdy taki wspólny wynik warto sprawdzić czy jest na 7 chromosomie, jeżeli tak, to tworzycie już "grupę" do tego odcinka, przydatne do dalszych analiz. Temat można drążyć i drążyć, jak logiczne zagadki, łamigłówki. Dochodzą nowe wyniki, co kilka dni i można je traktować jako dodatkowe "podpowiedzi" do zagadek. Może się trafi jakiś bliższy krewny do tego odcinka i wskaże kierunek?

3. Do dalszych analiz warto zajrzeć do Gedmatch, teraz GenesisGedmatch, jest to baza, która łączy wyniki z wielu firm (o ile je ktoś tam prześle). Prześlij tam Wasze wyniki, i namów osobę z którą macie połączenie do takiego przesłania także. Teraz z przesłaniem są jakieś perturbacje bo baza jest w trakcie zmian i trzeba chyba poczekać. Na Gedmatch masz wiele opcji analiz. Ja zwykle zaczynam od przyjrzenia się wynikom tej osoby, z którą szukam połączenia. Czyli jakie nazwiska się z nią łączą (program wyświetli do 3000 wyników). Może któreś z nazwisk brzmi znajomo? Przykład: jak osoba ma pośród 3000 nazwisk np. Babiarz, to ja już wiem, że to może być linia z parafii X, gdzie to nazwisko jest bardzo częste. Może ale nie musi, bo może to jakieś małżeństwo z Babiarzem już za oceanem było.

4. No i właśnie, wyniki to chyba w 99% są Amerykanie, jak mamy w rodzinie emigrantów to fajna zabawa. W Polsce niewiele osób zrobiło testy i można tylko pozazdrościć tym za oceanem, że zawsze we wszystkim są pierwsi.

5. MyHeritage, tam też można przegrać wyniki z FTDNA (chyba też teraz było jakieś zawirowanie) i obejrzeć kolejne, lub te same, wyniki, jest tam sporo Polaków, z różnych przyczyn, a będzie pewnie jeszcze więcej. W MyHeritage też można poszukać "wspólników" do tego odcinka na 7 chromosomie i a nuż jakaś dodatkowa podpowiedź. Do szukania "wspólników" są pomoce, zwłaszcza na Gedmatch jest ich dużo, ale i na MyHeritage czy FTDNA oczywiście (chromosome browser).

6. Dojście do wspólnego przodka precyzyjnie może nie być możliwe, jak nie ma dokumentów metrykalnych, ale coś się tam "zarysuje" z czasem, a można też trafić. Samo zrobienie badań i skupienie się na analizie otwiera jakby "dodatkowe okienka" w naszym mózgu i po prostu wiemy gdzie szukać, ja już kilka razy tego doświadczyłam, że nagle po takiej analizie trafia się na przodka w genetece czy innej bazie. Zwracać uwagę na przekształcone za oceanem nazwiska, skrócone, przetłumaczone, itd.

Łucja

carmilla pisze:Witajcie,

moja znajoma z Irlandii poprosiła mnie o rozwikłanie pewnej sprawy.
Robiła kilkakrotnie testy DNA, sprawdzane na różnych próbkach populacji i za każdym razem wychodziło, że w około 40% etnicznie jest żydówką, a jej córka w 20%.
Odnaleźliśmy dokumenty na kilka pokoleń wstecz i wszyscy byli rdzennymi polakami wyznania rzymskokatolickiego.
W takim razie jak należy interpretować te wyniki?
Do jakich wniosków uprawniają?
Jakich wniosków nie należny wyciągać?

Czy wniosek, że ktoś z przodków zapisanych w dokumentach nie był naszym biologicznym przodkiem (tylko ktoś o pochodzeniu żydowskim) jest uprawniony?

będę wdzięczny za pomoc bo jestem zielony w tym temacie.

Zacząć trzeba od tego, że badanie Y-DNA (domyślam się, że o takie chodzi) nie daje bezpośredniej odpowiedzi na pytanie, jakiej się jest narodowości, pochodzenia, a już tym bardziej w procentach.

Jest oczywiście możliwość, że przodek zapisany w metryce nie był biologicznym przodkiem, ale chyba trochę za wcześnie na wyciąganie takiego wniosku.

Na początek rozważań warto podać wynik badania, czyli haplogrupę i dopiero potem się można zastanawiać, co z tego wynika, ale nadal ze sporą ostrożnością.

Pozdrawiam.
PS

Szczurowski_Piotr pisze: Zacząć trzeba od tego, że badanie Y-DNA (domyślam się, że o takie chodzi) nie daje bezpośredniej odpowiedzi na pytanie, jakiej się jest narodowości, pochodzenia, a już tym bardziej w procentach.

Twoje przypuszczenia są chyba nietrafione, bo w poście Kamila wyraźnie chodzi o dwie kobiety, więc to nie mogły być badania Y-DNA, tylko prawie na pewno badania autosomalne.

Moim zdaniem te wyniki otrzymane przez znajomą Kamila i jej córkę dość jednoznacznie wskazują na stosunkowo niedawnego żydowskiego (aszkenazyjskiego?) przodka (lub ewentualnie dwóch/kilku żydowskich przodków w różnych niezależnych liniach, co wydaje się jednak mniej prawdopodobne). W jakiej firmie wykonywane były te testy?

Podstawowe pytanie brzmi jak daleko sięga wiedza tych kobiet o ich przodkach. Przykładowo, jeśli wiedzą tylko o dziadkach/babciach, którzy byli oficjalnie polskimi katolikami, to nie można np. wykluczyć, że rodzice idziadkowie niektórych z nich pochodzili ze społeczności żydowskiej. Jeśli jednak mamy w tym przypadku do czynienia z drzewem genealogicznym sięgającym wiele pokoleń wstecz (np. przynajmniej 4 pokolenia wstecz) i wszyscy ci przodkowie figurują w aktach jako Polacy i katolicy, to wówczas należałoby rzeczywiście rozpatrzeć możliwość, że przynajmniej niektórzy oficjalni przodkowie tej znajomej z Irlandii nie byli jej biologicznymi przodkami. Żeby to potwierdzić/zweryfikować należałoby poddać podobnym badaniom kuzynów spokrewnionych z zainteresowaną osobą przez poszczególnych jej przodków.

Szczurowski_Piotr pisze:
Zacząć trzeba od tego, że badanie Y-DNA (domyślam się, że o takie chodzi) nie daje bezpośredniej odpowiedzi na pytanie, jakiej się jest narodowości, pochodzenia, a już tym bardziej w procentach.

Kamil napisał, że chodzi o matkę i córkę, więc to nie jest badanie Y-DNA, bo takie robi się tylko mężczyznom. Dodatkowo wskazanie dokładnych procentów sugeruje, że chodzi o test autosomalny.

Co do samych procentów, 40 i 20, to wydaje się dość sporo. Czy te nazwiska w drzewie to były polskie czy np. niemieckie? Może to jakaś rodzina, która kiedyś zmieniła wyznanie? Tylko żeby przez kilka pokoleń zachować takie wartości, to musiało by być kilka takich rodzin, które między sobą się "wymieniały" genami. Coś jak w miejscowościach kolonistów, gdzie było np kilka rodzin z Niemiec i się między sobą żenili. Inna możliwość, to dziecko pozamałżeńskie co wskazał Kamil. Jeszcze inna to fałszywa tożsamość? To już wydaje się trochę tajemnicze i naciągane, ale niedawno się dowiedziałem o takiej sytuacji w mojej rodzinie. Otóż pewna kobieta żydowskiego pochodzenia przetrwała wojnę dzięki dokumentom metrycznym przekazanym przez jej znajomą, polkę. Po zakończeniu wojny nie przyznała się do tego i dalej posługiwała się nimi. Założyła rodzinę i żyła normalnie jako katoliczka. Dopiero na łożu śmierci wyznała prawdę. Rodzina myślała na początku, że babcia zwariowała. Potem odnaleźli i odwiedzili wybawicielkę, która jeszcze wtedy żyła. Także możliwości są różne i trzeba pewnie przeprowadzić śledztwo, a na pewno nie wyciągać pochopnych wniosków.

Łucja pisze:Osoba z którą jesteście spokrewnieni raczej na pewno jest waszym odległym krewnym, te 3-5 pokoleń należy raczej pogłębić (jak praktyka wykazuje), to znaczy wspólny przodek jest gdzieś głęboko.

Pełna zgoda. To może być rzeczywiście 3-5 kuzyn, ale nie można w żadnym wypadku wykluczyć dużo dalszego pokrewieństwa, ze wspólnym przodkiem nawet 10-15 pokoleń wstecz.

Łucja pisze:Jak macie wspólny odcinek na 7 chromosomie to szukasz teraz innych "wspólników" do tego odcinka.

Osobiście nie jestem przekonany do koncentrowania się niemal wyłącznie na szukaniu osób, z którymi mamy wspólny ten konkretny fragment chromosomu. Jeśli mamy hipotetycznie innych odległych krewnych połączonych z nami przez tego samego przodka, to jest dużo bardziej prawdopodobne, że mamy z nimi wspólne zupełnie inne fragmenty DNA (a zwłaszcza najdłuższy wspólny fragment). Ponadto, jeśli znajdujemy stosunkowo dużo osób wykazujących obecność tego samego odcinka konkretnego chromosomu (a często tak bywa w przypadku "fałszywych" bliskich krewnych), to może to świadczyć po prostu o tym, że ten akurat fragment jest stosunkowo częsty w danej populacji (np. w populacji polskiej czy słowiańskiej). W takiej sytuacji zamiast o fragmencie IBD (identical by descent) mówimy o fragmencie IBP (identical by population). Szkoda, że nikt chyba nie stworzył jak na razie listy takich krótkich fragmentów DNA charakterystycznych dla populacji polskiej, bo przydawałaby się ona często w naszej analizie potencjalnych krewnych. Niektóre firmy (nie pamiętam już czy chodzi o Ancestry czy 23andMe) robią np. poprawkę na liczne fragmenty wyjątkowo częste w populacji aszkenazyjskiej i nie wliczają ich do analizy pokrewieństwa między osobami o takim właśnie pochodzeniu (żeby nie otrzymywać zbytnio zawyżonego wyniku). Z moich bardzo prowizorycznych obserwacji wynika, że krótkie fragmenty wyjątkowo częste w populacji polskiej (i prawdopodobnie często przyczyniające się do stwarzania iluzji bliższego pokrewieństwa) obecne są m.in. na chromosomach 1, 5, 8, 14, 19 i 22 (oczywiście w bardzo konkretnych regionach tych chromosomów).

Łucja pisze:Dojście do wspólnego przodka precyzyjnie może nie być możliwe, jak nie ma dokumentów metrykalnych, ale coś się tam "zarysuje" z czasem, a można też trafić. Samo zrobienie badań i skupienie się na analizie otwiera jakby "dodatkowe okienka" w naszym mózgu i po prostu wiemy gdzie szukać, ja już kilka razy tego doświadczyłam, że nagle po takiej analizie trafia się na przodka w genetece czy innej bazie. Zwracać uwagę na przekształcone za oceanem nazwiska, skrócone, przetłumaczone, itd.

Zgadzam się. Znalezienie osoby mającej z nami wspólne fragmenty DNA i jednocześnie mającej przodków wywodzących się z tej samej okolicy co niektórzy nasi przodkowie jest dodatkową silną motywacją do pogłębienia naszych badań w odpowiednim kierunku i może w efekcie zaowocować wyczekiwanym sukcesem.

zaleznyh pisze:

Szczurowski_Piotr pisze:
Zacząć trzeba od tego, że badanie Y-DNA (domyślam się, że o takie chodzi) nie daje bezpośredniej odpowiedzi na pytanie, jakiej się jest narodowości, pochodzenia, a już tym bardziej w procentach.

Kamil napisał, że chodzi o matkę i córkę, więc to nie jest badanie Y-DNA, bo takie robi się tylko mężczyznom. Dodatkowo wskazanie dokładnych procentów sugeruje, że chodzi o test autosomalny.

Tak, teraz doczytałem, oczywiście mój błąd. O tych testach autosomalnych nie bardzo mam pojęcie i dlatego chętnie bym się dowiedział, jak z takiego testu wychodzi narodowość badanego? Jaki wynik świadczy o tym, że te badane osoby są pochodzenia żydowskiego?

Pozdrawiam,'
PS

Mam problem w kwestii testów DNA, ostatnio wykonałam taki w FTDNA, pojawiła mi się osoba, z którą dzielę 143 cM, najdłuższy wspólny odcinek to 39 cM, jest zaznaczony X-match. Niestety po kontakcie mailowym okazało się, że nie mamy wśród swoich przodków żadnych wspólnych nazwisk (dostałam dość pokaźną listę, potem odesłałam swoją), ani nawet miejscowości lub ich okolic. Ja mam braki w dwóch liniach swoich drzew (tych najbliższych, bo dalej to wiadomo, że w pewnym momencie się urywają), dwie moje praprababcie były córkami nieznanych ojców, z kolei kobieta, o której mowa, jak się później okazało, ma tak ładnie poprowadzoną genealogię ze strony matki, natomiast ojciec jest nieznany. Dzielonego DNA jest chyba wystarczająco, żeby stwierdzić, że to nie pomyłka/błędny trop. Mam w planach przeprowadzenie testów swoim rodzicom (tylko na razie brak funduszy), a ze strony tej kobiety ma być wykonany test Y-DNA jej krewnego, czy do tego czasu da się w ogóle w jakiś sposób ruszyć te poszukiwania dalej? Kobieta ta ma 90 lat, chciałabym, żeby miała szansę się dowiedzieć czegoś o swoim pochodzeniu, a jeśli to będzie pokrewieństwo po na przykład jednej z nieznanych u mnie linii, to nie wiem czy jest szansa na odtworzenie linii pokrewieństwa...

Emerald pisze:pojawiła mi się osoba, z którą dzielę 143 cM, najdłuższy wspólny odcinek to 39 cM, jest zaznaczony X-match.

Ponieważ jesteś kobietą, to niestety X-match nie wskazuje, czy to krewny ze strony Twojego ojca czy matki. Te wyniki wskazują na 2-go kuzyna, ewentualnie 2-go kuzyna z jednym lub dwoma przesunięciami lub 3-go kuzyna. Różnica wieku (bo zakładam, że masz dużo mniej niż 90 lat) wskazuje, że najbardziej prawdopodobne jest, że ta kobieta jest Twoją 2-gą kuzynką z jednym lub dwoma przesunięciami, czyli że ktoś z Twoich rodziców lub dziadków/babć ma z nią wspólnych pradziadków (tzn. oczywiście pradziadka i prababcię).

Z powyższego wynika, że możliwa jest zarówno sytuacja, że łączącym Was ogniwem jest któraś z dwóch brakujących par Twoich prapradziadków, jak i sytuacja, w której tym ogniwem są nieznani przodkowie ze strony ojca tej kobiety (przy czym jedno nie wyklucza oczywiście drugiego, tzn. obie sytuacje mogą mieć miejsce jednocześnie).

Nie przychodzi mi do głowy żaden sposób, żeby powyższe scenariusze można było zweryfikować już teraz, tzn. przed wykonaniem dodatkowych testów dla innych członków obu rodzin.

Pozdrawiam,
Michał

A co znajduje sie w in common with?
Czy z kimś dzielicie te wspólne fragmenty?

Slawek_Wojsa pisze:A co znajduje sie w in common with?
Czy z kimś dzielicie te wspólne fragmenty?

To jest dość użyteczne narzędzie, choć z drugiej strony nie należy tej funkcji traktować jako wyroczni. Jeśli masz kogoś (osobę X) na swojej liście trafień (i zaznaczysz tę osobę przed użyciem tego narzędzia), to używając funkcji "= in common with" możesz sprawdzić, czy na liście liście trafień tejże osoby X są jakiekolwiek osoby, które są także na Twojej liście trafień. Innymi słowy, pozwala to sprawdzić, czy są jakieś osoby, które są potencjalnymi krewnymi zarówno w stosunku do Ciebie jak i w stosunku do tego potencjalnego krewniaka X.

Pozdrawiam,
Michał

PS. Dodam jeszcze, że to nie musi dotyczyć dokładnie tych samych fragmentów. Powiem więcej - jeśli okaże się, że to właśnie są prawie zawsze te same fragmenty u różnych osób zidentyfikowanych w takim konkretnym poszukowaniu, to może to właśnie wskazywać na fragmenty IBP raczej niż IBD.

Emerald pisze:Mam problem w kwestii testów DNA, ostatnio wykonałam taki w FTDNA, pojawiła mi się osoba, z którą dzielę 143 cM, najdłuższy wspólny odcinek to 39 cM, jest zaznaczony X-match. Niestety po kontakcie mailowym okazało się, że nie mamy wśród swoich przodków żadnych wspólnych nazwisk (dostałam dość pokaźną listę, potem odesłałam swoją), ani nawet miejscowości lub ich okolic. Ja mam braki w dwóch liniach swoich drzew (tych najbliższych, bo dalej to wiadomo, że w pewnym momencie się urywają), dwie moje praprababcie były córkami nieznanych ojców, z kolei kobieta, o której mowa, jak się później okazało, ma tak ładnie poprowadzoną genealogię ze strony matki, natomiast ojciec jest nieznany. Dzielonego DNA jest chyba wystarczająco, żeby stwierdzić, że to nie pomyłka/błędny trop. Mam w planach przeprowadzenie testów swoim rodzicom (tylko na razie brak funduszy), a ze strony tej kobiety ma być wykonany test Y-DNA jej krewnego, czy do tego czasu da się w ogóle w jakiś sposób ruszyć te poszukiwania dalej? Kobieta ta ma 90 lat, chciałabym, żeby miała szansę się dowiedzieć czegoś o swoim pochodzeniu, a jeśli to będzie pokrewieństwo po na przykład jednej z nieznanych u mnie linii, to nie wiem czy jest szansa na odtworzenie linii pokrewieństwa...

Szansa zawsze jest, tylko w takim przypadku będzie potrzebny jeszcze ktoś trzeci, kto ma swój wywód jasno udokumentowany.

Znając "czarne dziury" w Waszych drzewach narysuj hipotetyczne drzewka, które mogą Was łączyć.

Tu masz listę możliwych pokrewieństw: https://dnapainter.com/tools/sharedcmv4/143

Jeśli na X macie w miarę mocne dopasowanie, tj. kilka segmentów/jakiś dłuższy, to możesz wykluczyć wszystkie hipotezy, które zakładają dziedziczenie z ojca na syna.

Jeśli masz w swoim drzewie jakiekolwiek zidentyfikowane matche, to sprawdź, czy osoba, z którą masz match na 143cM, ma również matche z tymi zidentyfikowanymi liniami. To pozwoli zawęzić pole manewru.

Zuploadujcie swoje raw data do MyHeritage i Genesis.

[quote="michalmilewski"]
"Ponadto, jeśli znajdujemy stosunkowo dużo osób wykazujących obecność tego samego odcinka konkretnego chromosomu (a często tak bywa w przypadku "fałszywych" bliskich krewnych), to może to świadczyć po prostu o tym, że ten akurat fragment jest stosunkowo częsty w danej populacji (np. w populacji polskiej czy słowiańskiej). W takiej sytuacji zamiast o fragmencie IBD (identical by descent) mówimy o fragmencie IBP (identical by population). Szkoda, że nikt chyba nie stworzył jak na razie listy takich krótkich fragmentów DNA charakterystycznych dla populacji polskiej, bo przydawałaby się ona często w naszej analizie potencjalnych krewnych. Niektóre firmy (nie pamiętam już czy chodzi o Ancestry czy 23andMe) robią np. poprawkę na liczne fragmenty wyjątkowo częste w populacji aszkenazyjskiej i nie wliczają ich do analizy pokrewieństwa między osobami o takim właśnie pochodzeniu (żeby nie otrzymywać zbytnio zawyżonego wyniku). Z moich bardzo prowizorycznych obserwacji wynika, że krótkie fragmenty wyjątkowo częste w populacji polskiej (i prawdopodobnie często przyczyniające się do stwarzania iluzji bliższego pokrewieństwa) obecne są m.in. na chromosomach 1, 5, 8, 14, 19 i 22 (oczywiście w bardzo konkretnych regionach tych chromosomów)."


A czy może jest jakaś literatura, nawet naukowa, na ten temat? Tych odcinków charakterystycznych dla populacji polskiej? IBP. Czy można to samemu zbadać na swoich próbkach, na zasadzie, że te same ale malutkie fragmenty dość częste?
I jeszcze jedno pytanie, jak można - czy na 1 chromosomie obszar 229-234 (pierwsze cyfry), końcówka raczej, to taki obszar IBP? Mam tam chyba kogoś z Pana rodziny/znajomych w matchach, głęboko bardzo, 6,7 pokolenia (Gedmatch), właśnie się na to natknęłam.
Mam też inne matche na tym odcinku, czyli jakby nie było IBP, tylko IBD, to fajnie, tylko skąd mam wiedzieć czy to IBP czy IBD??


Łucja

Łucja pisze: A czy może jest jakaś literatura, nawet naukowa, na ten temat? Tych odcinków charakterystycznych dla populacji polskiej? IBP.

Niestety populacja polska chyba nie była nigdy dokładnie badana pod tm względem, pewnie głównie dlatego, że poziom wsobności jest tu stosunkowo niski, i dlatego ma to niewielki wpływ na występowanie chorób genetycznych (przede wszystkim dziedziczonych autosomalnie recesywnie), w przeciwieństwie np. do populacji żydowskiej czy fińskiej, gdzie są dostępne publikacje na ten temat.

Łucja pisze:Czy można to samemu zbadać na swoich próbkach, na zasadzie, że te same ale malutkie fragmenty dość częste?

Można próbować się w to bawić, ale nie zastąpi to profesjonalnych badań na dużą skalę (to znaczy na dużej liczbie osób), więc wyniki takich prób trudno będzie uznać za jednoznaczne.

Łucja pisze:I jeszcze jedno pytanie, jak można - czy na 1 chromosomie obszar 229-234 (pierwsze cyfry), końcówka raczej, to taki obszar IBP?

Ten akurat fragment nie "wypłynął" jako wyjątkowo częsty gdy sprawdzałem "matche" członków mojej rodziny. Na chromosomie 1 zauważyłem za to zastanawiająco częste "matche" dotyczące fragmentu 201-208 (zapis wg tej samej konwencji, jak u Ciebie). Całkiem możliwe, że oprócz fragmentów IBP słowiańskich czy ogólnopolskich, występują także odpowiedniki o bardziej regionalnym zasięgu, np. mazowieckie, kaszubskie lub podkarpackie.

Nie jest to z pewnością zbyt profesjonalne podejście, ale możemy tutaj spróbować zgłaszać takie krótkie segmenty o przypuszczalnie podwyższonej częstości występowania i zrobić coś w rodzaju prowizorycznej listy potencjalnych segmentów IBP dla populacji polskiej. Oto fragmenty wytypowane wstępnie przeze mnie:

ch1(201-208)
ch5(10-17)
ch8(95-103)
ch14(50-60)
ch19(35-45)
ch22(15-18 )

Ciekaw jestem, czy niektóre z nich powtórzą się u kogoś z Was (jako wspólne z podejrzanie dużą liczbą niespokrewnionych blisko osób).

Łucja pisze:Mam też inne matche na tym odcinku, czyli jakby nie było IBP, tylko IBD, to fajnie, tylko skąd mam wiedzieć czy to IBP czy IBD??

Moim zdaniem, jeśli dany fragment jest wspólny ze znacznie większą liczbą "obcych" osób niż pozostałe wspólne fragmenty znalezione u badanej osoby, to trudno to wytłumaczyć inaczej niż właśnie jako IBP. Z drugiej strony, jak się często trafnie zauważa, segment IBP to właściwie jest specyficzny rodzaj segmentu IBD, tylko że jego podwyższona częstość występowania w populacji sprawia, że nie jest on tak użyteczny w badaniu genealogicznym jak klasyczny segment IBD.


Pozdrawiam,
Michał