[DNA]SNP Packi FT DNA: wybór, a może nie robić? alternatywy
: pn 08 kwie 2019, 21:11
technicznie/redakcyjnie
wątek
https://genealodzy.pl/forum-genealogicz ... 7622.phtml
się rozrósł w różne strony - czasem dość odległe od meritum, a
propozycja z
https://genealodzy.pl/PNphpBB2-viewtopic-t-73797.phtml
nie doczekała się realizacji czy komentarza (może kwestia tytułu)
stąd [DNA] w temacie - potencjalnie do nowego działu
proponuję by tu było miejsce do omówienia problemu
czy zamawiać
jeśli kupić to kiedy (po jakich badaniach)
co zamówić
czym się kierować
jak skorzystać z wiedzy z innych baz (np Yfull)
inne (jakie?)
ewentualnie info o aktualnych promocjach
dla ustalenia uwagi jako pod dyskusję, nie twierdzę że tak należy działać
*Po Ydna STR minimum STR Y-37
*po analizie matchy (choćby pobieżnej), czyli już dostępnych wyników badań SNP zbliżonych (wg STR) próbek na FT DNA
*po przeanalizowaniu wyników np na yfull dla R (w tym R1a i R1b)
https://www.yfull.com/tree/R/
(do R bym się na początku ograniczył.. R1b najszersza oferta, największy problem, ale najwięcej materiału do analizy, można pokusić się dość głęboko wchodzący Pack na podstawie wyników STRów 67? 37?)
* bez potwierdzania "typowanego głównego SNP" (w przypadkach gdy STRy w miarę zbieżne wykazują dość pewny subklad "główny)
* SMP Pack to droga też dla tych, którzy wychodzą poza klasyczne "testy są dla porównania >1 próbek" - czyli trochę w ciemno szansikują, tylko kupując badania jednej próbki
* spora różnica dalszego postępowania w zależności od "głównej haplogrupy" (jak wyżej R1b chyba daje największe możliwości)..zdecydowanie do rozwinięcia temat
*alternatywa - to chyba tylko pełne sekwencjonowanie, ale tu nie mam wyrobionego zdania ("jak musi być duży Y" by zastąpić badanie celowane) i co porównujemy (np czy w ramach tego samego/podobnego budżetu)
*inna sytuacja, gdy mamy się na czym wesprzeć (krewny już coś zrobił i możemy wykorzystać /działamy w grupie), a inna gdy jednostkowe badanie, bez współpracy
Przykład dla R1b
Szkieletowy, szeroki Pack R1b M343M269v2 Backbone SNP Pack za 99USD (zawartość / badane SNP):
z M343 lub M269
M343, L754, L278, P25, P297, M269, L478, PF6404, L23, L51, L11, L151, P310, P311, P312, L21, Z290, DF21, DF25, M222, Z255, Z253, L513, CTS4466, Z195, U152, L2, Z49, Z367, Z192, Z36, Z225, DF19, U106, L48, L47, U198, Z156, Z18, M73, V88, PF6289, L226, L238, DF99, Z8, Z326, A223, FGC4077, FGC4133, FGC8739, S588, DF85, L389, DF27, DF63, DF96, DF49, Z2185, Z16433, ZZ7_1, Z16434, Z16437, DF41, FGC5494, PF7562, S1026, S1051, Z198, Z209, Z2103, Z251, FGC3861, S5982, S5668, S6365, S764, S691, L1065, Z3000, A431, ZZ19_1, ZZ12_1, BY2285, Z34609, FGC20747, FGC20764, L555, DF98, A259, L459, Z4161, CTS12684, Z260, Z245, FGC5780, Z2105, S3058, Z43, PH155, V1636, FGC31923, FGC31929, FGC31939, BY16680, BY16696, BY16690, A15809, BY16692, A15808, BY16698, BY16699, A15807, A11710, A11711, A11712, Y31466, Y31467, Y31468, FGC42003, FGC42006, FGC42011, Z29766, Z29764, Z29758, BY1713, PF6535, Y410, PF6414, L388, CTS9416, PF7575, M12149, PF7566
oraz (w tym samym badaniu) spoza M343 M269:
CTS5330, FGC3861, GG445, GG460, PH2558, M697, PF7559, PF7560, PF7564, PF7568, PF7572, PF7573, PH4238, Z29765, Z29767, Z29782, Z29799, Z29802, Z29784, BY18740
powyższy szkieletowy, wspólny dla M343 i M269, wykraczający nawet poza ww jest raczej szeroki niż głęboki
tzn obejmuje całość (i to też nie do końca, może rozwinięcie będzie dalej) głównych hg, zawiera testy na snipy pozwalające zidentyfikować subklady (podgrupy, "podhaplogrupy") poziom, dwa poziomy, czasem trzy czy cztery poziomy niżej niż "główne" M343, M269)
Zdecydowana większość wyodrębnionych (wg FT DNA) ponad 8300 subkladów z M343 i M269 będzie przebadana - ponadto kilka SNP dookreślających lub niewystępujących w haplotree FamilyTree, a obecna w np Yfull tree
*jak blisko współczesnych czasów, dzisiejszych pokoleń dzięki temu szkieletowemu packowi możemy dojść?
Oczywiście zależy to od tego do jakiego subkladu (podzbioru szerszej hg/ haplogrupy) należy probant, ale wydaje się, że bliżej niż ok 3000 lat / ok 120 pokoleń to będzie mniejszość przypadków. Większość wyników chyba znajdzie się w przedziale "wyodrębniła się ok. 3000-4000 lat temu", choć przecież może się zdarzyć, że zbadanie próbki wykaże obecność Z764 (ok 1500 lat / 60 pokoleń temu); L555; BY16698 lub BY16999 (a wtedy całkiem współcześnie 375-1000 lat czyli 15-40 pokoleń), ale ten pack raczej służy szerokości niż głębokości. Pomimo kilku dziur chyba został zaprojektowany w ten sposób, by niezależnie od subkladu otrzymać "coś", tak by każdy klient z R1b dowiedział się więcej. Sporo więcej, nie bardzo dużo, ale każdy.
Jeśli (np z matchy STRów) wyselekcjonujemy z wysokim prawdopodobieństwem dość głęboki subklad (i odrzucimy inne) - nie ma potrzeby jechać tak szeroko jak tym szkieletowym packiem, można/należy od razu próbować innych rozwiązań.
Do bardziej selektywnej analizy (węziej za to głębiej) przygotowano inne packi.
cdn (może nie monologu?)
wątek
https://genealodzy.pl/forum-genealogicz ... 7622.phtml
się rozrósł w różne strony - czasem dość odległe od meritum, a
propozycja z
https://genealodzy.pl/PNphpBB2-viewtopic-t-73797.phtml
nie doczekała się realizacji czy komentarza (może kwestia tytułu)
stąd [DNA] w temacie - potencjalnie do nowego działu
proponuję by tu było miejsce do omówienia problemu
czy zamawiać
jeśli kupić to kiedy (po jakich badaniach)
co zamówić
czym się kierować
jak skorzystać z wiedzy z innych baz (np Yfull)
inne (jakie?)
ewentualnie info o aktualnych promocjach
dla ustalenia uwagi jako pod dyskusję, nie twierdzę że tak należy działać
*Po Ydna STR minimum STR Y-37
*po analizie matchy (choćby pobieżnej), czyli już dostępnych wyników badań SNP zbliżonych (wg STR) próbek na FT DNA
*po przeanalizowaniu wyników np na yfull dla R (w tym R1a i R1b)
https://www.yfull.com/tree/R/
(do R bym się na początku ograniczył.. R1b najszersza oferta, największy problem, ale najwięcej materiału do analizy, można pokusić się dość głęboko wchodzący Pack na podstawie wyników STRów 67? 37?)
* bez potwierdzania "typowanego głównego SNP" (w przypadkach gdy STRy w miarę zbieżne wykazują dość pewny subklad "główny)
* SMP Pack to droga też dla tych, którzy wychodzą poza klasyczne "testy są dla porównania >1 próbek" - czyli trochę w ciemno szansikują, tylko kupując badania jednej próbki
* spora różnica dalszego postępowania w zależności od "głównej haplogrupy" (jak wyżej R1b chyba daje największe możliwości)..zdecydowanie do rozwinięcia temat
*alternatywa - to chyba tylko pełne sekwencjonowanie, ale tu nie mam wyrobionego zdania ("jak musi być duży Y" by zastąpić badanie celowane) i co porównujemy (np czy w ramach tego samego/podobnego budżetu)
*inna sytuacja, gdy mamy się na czym wesprzeć (krewny już coś zrobił i możemy wykorzystać /działamy w grupie), a inna gdy jednostkowe badanie, bez współpracy
Przykład dla R1b
Szkieletowy, szeroki Pack R1b M343M269v2 Backbone SNP Pack za 99USD (zawartość / badane SNP):
z M343 lub M269
M343, L754, L278, P25, P297, M269, L478, PF6404, L23, L51, L11, L151, P310, P311, P312, L21, Z290, DF21, DF25, M222, Z255, Z253, L513, CTS4466, Z195, U152, L2, Z49, Z367, Z192, Z36, Z225, DF19, U106, L48, L47, U198, Z156, Z18, M73, V88, PF6289, L226, L238, DF99, Z8, Z326, A223, FGC4077, FGC4133, FGC8739, S588, DF85, L389, DF27, DF63, DF96, DF49, Z2185, Z16433, ZZ7_1, Z16434, Z16437, DF41, FGC5494, PF7562, S1026, S1051, Z198, Z209, Z2103, Z251, FGC3861, S5982, S5668, S6365, S764, S691, L1065, Z3000, A431, ZZ19_1, ZZ12_1, BY2285, Z34609, FGC20747, FGC20764, L555, DF98, A259, L459, Z4161, CTS12684, Z260, Z245, FGC5780, Z2105, S3058, Z43, PH155, V1636, FGC31923, FGC31929, FGC31939, BY16680, BY16696, BY16690, A15809, BY16692, A15808, BY16698, BY16699, A15807, A11710, A11711, A11712, Y31466, Y31467, Y31468, FGC42003, FGC42006, FGC42011, Z29766, Z29764, Z29758, BY1713, PF6535, Y410, PF6414, L388, CTS9416, PF7575, M12149, PF7566
oraz (w tym samym badaniu) spoza M343 M269:
CTS5330, FGC3861, GG445, GG460, PH2558, M697, PF7559, PF7560, PF7564, PF7568, PF7572, PF7573, PH4238, Z29765, Z29767, Z29782, Z29799, Z29802, Z29784, BY18740
powyższy szkieletowy, wspólny dla M343 i M269, wykraczający nawet poza ww jest raczej szeroki niż głęboki
tzn obejmuje całość (i to też nie do końca, może rozwinięcie będzie dalej) głównych hg, zawiera testy na snipy pozwalające zidentyfikować subklady (podgrupy, "podhaplogrupy") poziom, dwa poziomy, czasem trzy czy cztery poziomy niżej niż "główne" M343, M269)
Zdecydowana większość wyodrębnionych (wg FT DNA) ponad 8300 subkladów z M343 i M269 będzie przebadana - ponadto kilka SNP dookreślających lub niewystępujących w haplotree FamilyTree, a obecna w np Yfull tree
*jak blisko współczesnych czasów, dzisiejszych pokoleń dzięki temu szkieletowemu packowi możemy dojść?
Oczywiście zależy to od tego do jakiego subkladu (podzbioru szerszej hg/ haplogrupy) należy probant, ale wydaje się, że bliżej niż ok 3000 lat / ok 120 pokoleń to będzie mniejszość przypadków. Większość wyników chyba znajdzie się w przedziale "wyodrębniła się ok. 3000-4000 lat temu", choć przecież może się zdarzyć, że zbadanie próbki wykaże obecność Z764 (ok 1500 lat / 60 pokoleń temu); L555; BY16698 lub BY16999 (a wtedy całkiem współcześnie 375-1000 lat czyli 15-40 pokoleń), ale ten pack raczej służy szerokości niż głębokości. Pomimo kilku dziur chyba został zaprojektowany w ten sposób, by niezależnie od subkladu otrzymać "coś", tak by każdy klient z R1b dowiedział się więcej. Sporo więcej, nie bardzo dużo, ale każdy.
Jeśli (np z matchy STRów) wyselekcjonujemy z wysokim prawdopodobieństwem dość głęboki subklad (i odrzucimy inne) - nie ma potrzeby jechać tak szeroko jak tym szkieletowym packiem, można/należy od razu próbować innych rozwiązań.
Do bardziej selektywnej analizy (węziej za to głębiej) przygotowano inne packi.
cdn (może nie monologu?)