Chromosom X w genealogii genetycznej

[domislaw]

Witam,

wśród wielu osób zajmujących się genealogią genetyczną spotkałem się z
obiegową opinią, że chromosom X to odpowiednik chromosomu Y pozwalający tylko zidentyfikować matczyną haplogrupę. Pamiętajmy jednak, że kobiety dziedziczą również X od swojego ojca.

Aby dokładnie zrozumieć cały proces dziedziczenia chromosów X załączam poniższy link. Autorka przedtawia to w bardzo prosty i obrazowy sposób (szczególnie ciekawy jest wykres dziedziczenia po dziadkach zamieszczony pod koniec tekstu).

https://genetics.thetech.org/ask-a-gene ... mosome-mom

Pozdrowienia,
Krzysio

[Sroczyński_Włodzimierz]

to może warto rozwinąć
mtDNA (mitochondrialne) dziedziczy się po matce (w zasadzie:) i jest to odpowiednik w pewnym stopniu Ydna
i to właśnie mtDNA (dziedziczone po matce , ale nie tylko przez kobiety) jest używane do określania haplogrup

o wartości informacji genealogicznych w X naprawdę prosto i po polsku
https://www.genealogiagenetyczna.com/20 ... nstwo.html
"...Podsumowanie
Chromosom X może mocno zawęzić poszukiwania wspólnych przodków, ale trzeba pamiętać, że pokrewieństwo może być znacznie odleglejsze niż przy takim samym segmencie na autosomach. Brak wspólnego DNA na chromosomie X nie może być użyty jako dowód na brak pokrewieństwa, gdyż często nawet rodzeństwo nie ma wspólnych segmentów na chromosomie X (wyjątkami od tej reguły są pary: ojciec-córka, matka-dziecko i siostra-siostra) - te osoby zawsze mają wspólny DNA na chromosomie X). Najlepiej skupić się na DNA autosomalnym, a z genealogicznych dobrodziejstw chromosomu X korzystać rozważnie, pamiętając że wspólni przodkowie mogą być tak odlegli, że wykroczą poza okres dostępnej śmiertelnikom genealogii."

do rozwinięcia
"nie rekombinuje z chromosomem Y (poza trzema pseudoautosomalnymi regionami, nie ma to jednak większego znaczenia pod względem badań genealogicznych)"
wytłuszczenie moje , tj gdybyś miał i chęć i możliwości : jak rozumiesz powyższe? tj co ma jakieś ale małe znaczenie genealogiczne

to, że nie rekombinuje czy
że rekombinuje w trzech pseudoautosomalnych?

[domislaw]

o wartości informacji genealogicznych w X naprawdę prosto i po polsku

To już chyba indywidualna kwestia przyswajania. Sam proces dziedziczenia i rekombinacji X został wyłożony dla mniej jaśniej w artykule, którego link podałem.

Generalnie chciałem zwrócić uwagę na to, że X to nie tylko Mtdna. Robiąc badania autosomalne na FTDNA czasem można również otrzymać trafienie na X. W przypadku panów sprawa jest jasna - w grę wchodzi tylko linia matczyna. U kobiet dochodzi jednak jeszcze linia ojcowska.

Ostatnio miałem sytuację gdzie moja siostra trafiła wspólne segmenty na X z kuzynem. Jego prababka ze strony matki i nasza (moja i siostry) ze strony ojca były rodzonymi siostrami. A więc znaczenie genealogiczne jest jak najbardziej.

Pozdrowienia,
Krzysio

[przemko20161]

WITAM

Mam prośbę proszę o przetłumaczenie o co chodzi w moim wyniku DNA
Mój wynik
https://l.facebook.com/l.php?u=https%3A ... lnlJmGzK3A

Proszę o wytłumaczenie

Przemek

[domislaw]

Przemku,

to wygląda jak admikstura z gedmatch Eurogenes K36, tylko okraszona jakąś bardziej złożoną analizą...

https://www.gedmatch.com/

Jeśli chodzi konkretnie o K36 to jest o tym tutaj:

https://mpbritt.com/eurogenes-k36-maps- ... ure-tests/

http://bga101.blogspot.com/2013/03/euro ... match.html

Pozdrowienia,
Krzysio

[Bogus_Tom]

Witam,
a jak wyjaśnić maksymalną wartość X = 195,93cM, SNPs: 18092 u 5th cousin - Remote Cousin, który mieszka w Stanach? Jeszcze w 18 chromosomie jest element wspólny = 8,36 cM, SNPs: 2500. Czy to błąd w obliczeniach FTDNA?
Pozdrawiam,
Bogusław

[expat]

Bogusław,
Cały proces analizowania DNA ma w sobie kilka różnych elementów niepewności i to w trudnym do określenia stopniu. Te elementy mogą doprowadzić do sporych błędów w jednym przypadku, a w drugim nie. Jednakże „dziwne” wyniki niekoniecznie muszą być błędami. Tak prawdę mówiąc nie jestem pewien dlaczego myślisz, że to może być błąd. Wymieniasz tu dwa różne chromosomy i na dodatek X chromosom jest unikalny. Również X chromosom nie jest brany po uwagę przy określaniu stopnia pokrewieństwa. Najlepszy artykuł, jaki do tej pory widziałem, na temat X chromosomu jest pod tym linkiem. Niestety po angielsku.
http://smithplanet.com/stuff/x-chromosome.htm
Krzysztof

[Bogus_Tom]

Dziękuję za odpowiedź. Artykuł przeczytam.
Bogusław

[Bogus_Tom]

Krzysztof, dziękuję za link do artykułu. Artykuł w prosty sposób wyjaśnia dziedziczenie nierekombinowanego chromosomu X (i nie tylko). Prababka>dziadek>matka>syn. W opisanym przeze mnie przypadku jest tak, że pełna wartość w chromosomie X z tą samą osobą jest u mnie i u mojego taty. A to wg ww. artykułu nie powinno mieć miejsca.
Pozdrawiam,
Bogusław

[michalmilewski]

W opisanym przeze mnie przypadku jest tak, że pełna wartość w chromosomie X z tą samą osobą jest u mnie i u mojego taty. A to wg ww. artykułu nie powinno mieć miejsca.

Ale to by też oznaczało, że masz wspólny cały chromosom X ze swoim tatą, a to jest raczej niemożliwe w przypadku biologicznego mężczyzny z typową parą chromosomów płciowych XY. Czy badałeś swój chromosom Y (i ewentualnie chromosom Y taty)?

Czy ta osoba, z którą macie wspólny chromosom X, jest mężczyzną?

Pozdrawiam,
Michał

[michalmilewski]

jak rozumiesz powyższe? tj co ma jakieś ale małe znaczenie genealogiczne
to, że nie rekombinuje czy
że rekombinuje w trzech pseudoautosomalnych?

Pytanie nie do mnie, ale postaram się odpowiedzieć. To, że podobne (homologiczne) chromosomy rekombinują ze sobą jest zwykle przeszkodą w ustaleniu, w jaki sposób (tzn. w jakiej linii) były one dziedziczone z pokolenia na pokolenie. Dlatego tak trudno jest odtworzyć, od których dawnych przodków otrzymaliśmy nasze autosomy lub chromosom X (czy raczej ich fragmenty). Z kolei to, że w przypadku chromosomów płciowych X i Y rekombinacja między nimi może zachodzić tylko w bardzo niewielkich regionach na samych ich koniuszkach (nie włączanych do analizy genetycznej dla celów genealogicznych), i w związku z tym nie prowadzi to do odziedziczenia badanej części chromosomu Y w oddzielnych kawałkach (dziedziczących się potem niezależnie od siebie, jak to ma miejsce w przypadku rozdzielenia się dużych fragmentów tego samego autosomu lub chromosomu X w wyniku rekombinacji), można łatwo prześledzić dziedziczenie praktycznie nietkniętego (choć zwykle lekko zmutowanego, tzn. nabywającego z czasem nowe "drobne" mutacje) chromosomu Y w linii czysto męskiej, nawet na dystansie wielu tysięcy lat.

Aby dokładnie zrozumieć cały proces dziedziczenia chromosów X załączam poniższy link. Autorka przedtawia to w bardzo prosty i obrazowy sposób (szczególnie ciekawy jest wykres dziedziczenia po dziadkach zamieszczony pod koniec tekstu).
https://genetics.thetech.org/ask-a-gene ... mosome-mom

Zalinkowany tekst zawiera chyba zbyt dużo błędów, żeby go z czystym sumieniem polecać. Przykładowo dwa pierwsze akapity zawierają niezbyt ścisłe informacje dotyczące tego, że każdy otrzymuje od swojego matecznego dziadka i matecznej babki jakiś fragment chromosomu X, albo że kobieta zawsze przekazuje swojemu dziecku fragmenty obydwu swych chromosomów X. Wynika to prawdopodobnie z błędnego przekonania autorki, że przed przekazaniem dziecku chromosomu X przez kobietę zachodzi u niej zawsze proces rekombinacji prowadzący do wymiany fragmentów dwóch chromosomów X otrzymanych od niej wcześniej odpowiednio od ojca i matki (czyli od dziadka matecznego i babki matecznej przyszłego dziecka). Tymczasem, o ile w większości przypadków do takiej rekombinacji między obydwoma chromosomami X matki rzeczywiście dochodzi, to w przynajmniej kilku procentach transmisji chromosomu X od matki do dziecka para chromosomów X matki nie ulega rekombinacji (przynajmniej jeśli mówimy o rekombinacji w regionach analizowanych dla celów genealogicznych). Ponieważ długość analizowanego w badaniu genetycznym chromosomu X wynosi 196 cM (centymorganów), to oznacza, że średnia liczba procesów rekombinacji typu crossing-over zachodzących w pojedynczej mejozie między dwoma chromosomami tej pary wynosi 1,96, czyli możemy się spodziewać, że najczęstszym przypadkiem jest wystąpienie jednej lub dwóch niezależnych rekombinacji na chromosomie X, choć oczywiście możemy też mieć do czynienia z aż trzema lub pewnie nawet czterema rekombinacjami jednocześnie, a czasami nie obserwuje się żadnej rekombinacji między matczynymi chromosomami X.

Generalnie chciałem zwrócić uwagę na to, że X to nie tylko Mtdna.

Powyższe zdanie sugeruje, że mtDNA jest częścią chromosomu X, co nie jest prawdą. Cząsteczka mtDNA to mały niezależny genom mitochondrialny, czyli w przeciwieństwie do autosomów oraz chromosomów płciowych X i Y nie znajduje się w jądrze komórkowym, zawierającym zdecydowaną większość naszego DNA, tylko w mitochondriach.

Mam prośbę proszę o przetłumaczenie o co chodzi w moim wyniku DNA
Mój wynik
https://l.facebook.com/l.php?u=https%3A ... lnlJmGzK3A

Swoje pytanie umieściłeś w nieodpowiednim wątku, poświęconym analizie chromosomu X. Postaram się stworzyć nowy wątek i tam umieścić odpowiedź.

Pozdrawiam,
Michał

[Sroczyński_Włodzimierz]

jak najbardziej otwarte było
rozumiem, że skłaniasz się ku koncepcji że to, że małe znaczenie dla celów badań genealogicznych ma to, że autosomalny X

nie rekombinuje z chromosomem Y (w zasadzie)

nie to, że
w trzech pseudoautosomalnych regionach rekombinuje

[domislaw]

Wynika to prawdopodobnie z błędnego przekonania autorki, że przed przekazaniem dziecku chromosomu X przez kobietę zachodzi u niej zawsze proces rekombinacji prowadzący do wymiany fragmentów dwóch chromosomów X otrzymanych od niej wcześniej odpowiednio od ojca i matki (czyli od dziadka matecznego i babki matecznej przyszłego dziecka).

Michale,

nie dostrzegam w tym artykule zdania, że proces rekombinacji zachodzi zawsze. Autorka przedstawia przykłady - ja to odebrałem w ten sposób. Wydaje mi się, że to co opisała jest prawdopodobne i może się wydarzyć, chociaż oczywiście głowy za to nie oddam, bo nie jestem genetykiem.

Pozostając z brudnym sumieniem, pozdrawiam
Krzysio

[expat]

Bogusław,
W takiej sytuacji na pewno poprosiłbym FTDNA o sprawdzenie wyników. Ja sam mam krótki (2.93 cM) X chromosom matach na 23andMe z jednym z moich synów. Jednakże w tym przypadku zdecydowałem, że nie warto prosić ich o wyjaśnienie.
Krzysztof

[michalmilewski]

rozumiem, że skłaniasz się ku koncepcji że to, że małe znaczenie dla celów badań genealogicznych ma to, że autosomalny X

nie rekombinuje z chromosomem Y (w zasadzie)

nie to, że
w trzech pseudoautosomalnych regionach rekombinuje

Określiłbym to w ten sposób: Małe znaczenie dla genealogii ma to, że X jednak rekombinuje z Y, bo dotyczy to tylko małych regionów o specyficznej lokalizacji i zasadniczo nie zaburza dziedziczenia chromosomu Y jako całości (nie zaburzałoby też dziedziczenia chromosomu X jako całości, gdyby nie fakt że rekombinacja między chromosmami X może zachodzić w pozostałych regionach). Z kolei bardzo duże znaczenie dla genealogii ma to, że chromosom X "zasadniczo" nie rekombinuje z chromosomem Y.

Niemniej jednak powinienem chyba także nadmienić, że bardzo duże znaczenie dla biologii wielu organizmów ma to, że tak właściwie to jednak X rekombinuje z Y (ale w takim miejscach, że jest to nieistotne dla genealogii jako takiej, ale bardzo istotne dla prawidłowego przebiegu procesu podziału mejotycznego - a że bez podziałów mejotycznych nie byłoby rozmnażania płciowego, to nie byłoby też tradycyjnej genealogii).

W sumie można więc tak właściwie powiedzieć, że dla genealogii ważne jest zarówno to, że X z Y zasadniczo "nie rekombinują", jak i to, że tak właściwie to jednak "rekombinują"

Pozostając z brudnym sumieniem

Nie przesadzajmy

Ja sam mam krótki (2.93 cM) X chromosom matach na 23andMe z jednym z moich synów. Jednakże w tym przypadku zdecydowałem, że nie warto prosić ich o wyjaśnienie.

Czy masz ten fragment wspólny z jego matką (jeśli była badana)?
Czy robiłeś może swoim synom test "Are your parents related?" na GEDmatch?

Pozdrawiam,
Michał